基于配额的碳金融市场其市场原理是：科学的核算方法是开展碳排放分配和交易的基础。上海在国内率先制定出台了碳排放核算指南及各试点行业核算方法，确定了本市碳排放统一的“度量衡”。同时，在分配方法方面，采用了国际上较为普遍的“历史排放法”和“基准线法”，并结合上海实际进行了深化和完善。上海对工业（电力除外）以及商场、宾馆等建筑采取“历史排放法”，即基于企业历史排放水平，结合先期减排贡献确定其碳排放配额；对电力、港口、机场、航空等采用“基准线法”，即基于其排放效率和实际业务量确定企业年度碳排放配额。
企业的碳配额不够，会不会随意调整而不去市场购买？“上海对试点企业的配额管理比较明确，一般情况下年度配额基本没有随意调整的余地。”林健表示，配额不应成为“松紧带”，应避免出现可随意调整的空间。
上海以市政府令的形式出台碳排放管理办法，在全国是一个新的探索。条例中有一条规定：“罚则明确”。按规定，纳入配额管理的单位如果虚报、瞒报或者拒绝履行报告义务的，将被责令限期改正；逾期未改正的，处以１万元以上、３万元以下的罚款；无理抗拒、阻碍第三方机构开展核查工作的，处以３万元以上、５万元以下的罚款；未按规定履行配额清缴义务的，由相关部门责令履行配额清缴义务，并可处以５万元以上、１０万元以下罚款。除此之外，违法行为还可记入相关单位的信用信息记录，向社会公布，并可取消相关单位享受专项资金支持等资格，新建固定资产投资项目节能评估报告表或者节能评估报告书可不予受理。
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